Le nom vient de l'histoire assez confuse de Phidippidès (ou Philippidès), un messager grec qui aurait couru de Marathon à Athènes pour annoncer la victoire contre les Perses à l'issue de la bataille de Marathon lors de la première guerre Médique en 490. Arrivé à bout de souffle sur l'Aréopage, il y serait mort après avoir délivré son message. L'historien grec Hérodote rapporte une légende différente : lors du débarquement des Perses à Marathon, les Grecs auraient envoyé un messager, Phidippidès, chercher de l'aide à Sparte, à plus de 200 km. Alors que les Spartiates ne répondaient pas, les Athéniens combattirent seuls, avec les Platéens, et c'est un certain Euklès qui aurait parcouru au prix de sa vie la distance entre Marathon et Athènes pour annoncer la victoire. Il semblerait donc que la tradition, qui attribue la course Marathon-Athènes à Phidippidès soit erronée, si Hérodote dit vrai.